藻類微生物的繁殖主要有三種方式，即營養(yǎng)繁殖（透過細(xì)胞分裂或斷裂）、無性繁殖（透過釋出游動(dòng)孢子或其他孢子）或有性繁殖。其中有性繁殖這種方式采用較少，一般發(fā)生在艱難時(shí)期（生長季節(jié)結(jié)束時(shí)或處于不利的環(huán)境條件下）。

　　營養(yǎng)體生殖方法很多，有特殊的營養(yǎng)枝如黑頂藻的繁殖枝，掉地后則獨(dú)立生長為新的個(gè)體；有依靠假根的繁殖方式，如海扇藻；也有依靠盤狀幼體以度夏或度冬。無性生殖主要依靠游孢子，這些一般具有1-4根鞭毛，葉綠體和眼點(diǎn)，沒有細(xì)胞壁，有自由游動(dòng)的能力；缺少鞭毛因而沒有游動(dòng)能力的孢子也不少，如藍(lán)藻門的內(nèi)孢子，紅藻門的四分孢子，綠藻門的厚壁孢子等。

　　有性生殖依靠配子，可以同配或異配。同配由形狀大小一樣的配子相互接近，融合形成厚壁的合子，而異配則由大小不同，甚至形狀不一樣的配子融合形成合子。卵配是一種異配，其雌性細(xì)胞較大，一般不能游動(dòng)，而其雄性細(xì)胞較小，有兩根鞭毛，能自由游動(dòng)。紅藻的卵配尤其特殊，卵囊稱果胞，為一瓶狀構(gòu)造，卵在瓶底，瓶頸即受精絲，而精子在精子囊內(nèi)，不能游動(dòng)，隨水漂流，遇于受精絲則粘著上，精子破囊而出，順著受精絲進(jìn)入果胞與卵子結(jié)合成為合子，后者立即發(fā)育成為一個(gè)雙倍體的果孢子體，寄生在雌性個(gè)體上。果孢子體成熟產(chǎn)生果孢子，發(fā)育則成為獨(dú)立的孢子體。